เซลล์ของระบบภูมิคุ้มกันทีเซลล์และบีเซลล์ที่ผลิตแอนติบอดี เป็นที่ทราบกันดีว่าให้การป้องกันในวงกว้างต่อเชื้อโรค ไวรัสที่ทำให้เกิดโควิด-19 และการวิเคราะห์ข้อมูลในวงกว้างของเซลล์นับล้านได้ทำให้นักวิทยาศาสตร์เห็นภาพรวมอย่างกว้างๆ เกี่ยวกับการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันต่อไวรัสชนิดนี้ การตอบสนองของเซลล์ภูมิคุ้มกันบางอย่าง

รวมถึงตามชนิดของเซลล์ที่มักจะป้องกัน สามารถกระตุ้นการอักเสบและการเสียชีวิตของผู้ป่วยในบางครั้งเครื่องมือวิเคราะห์ข้อมูลอื่นๆ ที่อนุญาตให้ตรวจสอบได้จนถึงระดับเซลล์เดี่ยว ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์ทราบเบาะแสบางอย่างเกี่ยวกับผู้กระทำผิดในกรณีติดเชื้อโควิดขั้นรุนแรง แต่มุมมองที่มุ่งเน้นดังกล่าวมักขาดบริบทของการจัดกลุ่มเซลล์เฉพาะที่อาจทำให้ผลลัพธ์ดีขึ้นหรือแย่ลง เครื่องมือ Multiscale PHATE ซึ่งเป็นเครื่องมือการเรียนรู้ของเครื่องที่พัฒนาขึ้นที่ Yale ช่วยให้นักวิจัยสามารถส่งต่อความละเอียดของข้อมูลทั้งหมด ตั้งแต่เซลล์หลายล้านเซลล์ไปยังเซลล์เดียวภายในไม่กี่นาที เทคโนโลยีนี้สร้างขึ้นจากอัลกอริธึมที่เรียกว่า PHATE ซึ่งสร้างขึ้นในห้องทดลองของ Smita Krishnaswamy รองศาสตราจารย์ด้านพันธุศาสตร์และวิทยาการคอมพิวเตอร์ ซึ่งเอาชนะข้อบกพร่องหลายประการของเครื่องมือสร้างภาพข้อมูลที่มีอยู่